Catatan tertua kehidupan monastik di Sinai berasal dari jurnal perjalanan yang ditulis dalam bahasa Latin oleh seorang wanita bernama Egeria sekitar 381-384. Dia mengunjungi banyak tempat di seluruh Tanah-Tanah Suci dan Gunung Sinai, di mana nabi Musa dikatakan menerima Sepuluh Rukun dari Tuhan menurut Kitab Perjanjian Lama.[1]

Biara ini dibina atas perintah Kaisar Justinian I (memerintah 527-565), di mana pembinaan biara ini menutup Gereja Kecil Semak Terbakar diperintahkan untuk dibangun oleh Helena, ibunda Constantine I, di tapak di mana Musa sepatutnya telah melihat semak yang terbakar yakni semak-semak yang hidup dengan alasan yang konon asli. Binaan biara memiliki rangka atap tertua yang masih hidup di dunia, sebuah truss pos raja.[2] Hal ini juga disebut sebagai "Kapel St Helen." Tapak ini merupakan kawasan yang suci bagi para penganut Kristian, Islam dan Judaisme.[3]

Sebuah masjid Fatimiyah dibangun dalam dinding-dinding biara, tetapi belum pernah digunakan karena tidak benar berorientasi menuju ke Mekah. Sehingga abad ketujuh, unsur-unsur binaan Kristian yang asing daripada yang ada di Sinai menghilang sehingga hanya biara sahaja yang tetap ada. Biara ini masih dikelilingi oleh benteng besar tersebut. Sampai abad kedua puluh, akses adalah melalui pintu tinggi di dinding luar biara.

Saat bermulanya Perang Salib Pertama, serta ketibaan askar-askar salibi di Sinai sehingga tahun 1270 mendorong kepentingan Kristian Eropah dan meningkatkan jumlah pemberani peziarah yang mengunjungi biara. Biara ini didukung oleh dependensinya di Mesir, Palestin, Syria, Crete, Siprus dan Konstantinopel. Biara ini, bersama dengan dependensi beberapa daerah, merangkumi Gereja Ortodoks seluruh Gunung Sinai yang dipimpin oleh Uskup Agung, yang juga merupakan ketua pemimpin biara-biara. Status pentadbiran yang tepat dari gereja dalam Gereja Ortodoks Timur adalah ambigu: oleh beberapa, termasuk gereja itu sendiri,[4] gereja ini dianggap "otosefalus" (autocephalus, diketuai pemimpin yang berkecuali dengan sendirinya),[5][6] manakala pihak lain menganggapnya sebagai sebuah gereja autonomi di bawah bidang kuasa Gereja Ortodoks Yunani Yerusalem.[7] Uskup Agung secara tradisional dikuduskan oleh Patriark Ortodoks Yerusale,. pada beberapa abad terakhir ia biasanya tinggal di Kairo. Selama tempoh Perang Salib berlangsung yang turut, ditandai dengan kepahitan antara gereja-gereja Ortodoks dan Katolik, biara ini dilindungi baik oleh Kaisar Bizantium dan penguasa Kerajaan Yerusalem, dan elit masing-masing.